作为管理运河运输最大吃水能力的一部分，巴拿马运河将修改淡水收费(FWC)的可变部分，目的是保留水和改善受降雨不足影响的湖泊水位。巴拿马运河管理局(ACP)在一份声明中表示，随着对FWC的调整，考虑到目前加通湖的水位，巴拿马运河客户的可变费率将比目前的公式减少约50%。

一艘新巴拿马型船的平均减损额为每次过境B/19,700，而巴拿马型船每次则为B/6,800。《FWC》适用于所有长度超过38.1米(125英尺)通过运河的船只。

降雨模式的变化影响了巴拿马运河湖泊系统的水供应，促使运河采取措施优化其利用，包括从2020年开始的FWC。巴拿马运河通过淡水收费将水的价值纳入其他海事服务(OSM)项目，这取决于运输时水资源的可用性。