从2024年起，欧盟排放交易体系将覆盖40%的排放量，到2025年将上升到70%，一年后将上升到100%，到2026年，氮氧化物和甲烷也将纳入欧盟排放交易体系的计算。然而，在欧盟以外开始或结束的服务将只收取50%的费用，让第三国在其管辖范围内决定碳收费。

标准普尔全球商品洞察全球航运战略参与和情报主管Ashna Mishra在TOC Asia上发表讲话时指出，航运公司计划通过附加费来收回欧盟排放交易体系的成本，许多航运公司，如MSC、Hapag-Lloyd、MSC、Evergreen、杨明和中远已宣布将从明年第一季度开始征收附加费。她说表示:“但目前市场真正困惑的是附加费的变化，没有一家运营商真正解释为什么他们的附加费与其他运营商不同。”

例如，在亚欧航线上，Evergreen计划收取每TEU 27欧元的费用，而CMA CGM则给出了每TEU 25欧元的潜在水平。相比之下，马士基提出的收费为每TEU 70欧元，赫伯罗特提出的假设性收费为每TEU 12欧元。

Mishra指出:“大多数(航运公司)表示，他们计划每季度审查附加费，而有些公司计划每年审查附加费。但这确实是每个人都在关注的事情。也许航运公司稍后会解释其理由，或者他们会说明是如何计算附加费的。这的確很重要。”

长期以来，集装箱班轮公司对码头装卸和船用燃料油等项目收取的附加费一直受到货主的争议，这些附加费被认为没有反映实际成本水平，而是被用作增加收入的一种方式。欧盟排放交易体系附加费的差异似乎将继续存在这种的不满。